1 Introduzione

2 Nozioni biologiche

3.1 Il problema specifico 3.2 Pattern matching multiplo 3.3 Pattern matching approssimato

4.1 Algoritmo Naive 4.2 Algoritmo di Knuth-Morris-Pratt 4.3 Algoritmo di Boyer-Moore 4.4 Conclusioni

5.1 Approccio naive 5.2 Approccio con Tree Data-Structure 5.2.1 Soluzione con Prefix Trees 5.2.1 Soluzione con Suffix Trees

6.1 Algoritmo naive 6.2 Matrici dei punti 6.3 Problema del Query matching 6.4 Filtration del quety matching

8.1 Hashing 8.2 Algoritmo di Aho-Corasick

Pattern Marching: progetto di Elementi di Bioinformatica 2005/2006. Prof. Alfredo De Santis